福建金門馬祖地區建築師公會建築是一項專門技術，其經驗的累積、交流、聯繫、研究，至為重要，公會組織一方面保障會員權益，一方面約束會員紀律，因此訂有強制加入公會的規定，建築師法第四章第二十八條規定「建築師領得開業證書後，非加入該管直轄市、縣（市）建築師公會，不得執行業務；建築師公會對建築師之申請入會，不得拒絕。……第一項開業建築師，以加入一個直轄市或縣（市）建築師公會為限。」
建築師法第四章第二十八條之一，進一步規定「為促進金門馬祖地區之建築師公會發展，規定如下：一、建築師領得開業證書後，得加入金門馬祖地區之建築師公會，不受前條第四項規定之限制；非加入該管金門馬祖地區之建築師公會，不得於金門馬祖地區執行業務。但在該管金門馬祖地區之建築師公會未成立前，不在此限。
二、領有金門馬祖地區開業證書之建築師，得加入臺灣本島之直轄市、縣（市）公會，並以一個為限。原福建省建築師公會應變更組織為金門馬祖地區之建築師公會，並以會所所在地之當地政府為主管機關。」
本會以促進會員聯繫，保障應有權益，提高職業水準，發揮服務精神及協助推動國家建設為宗旨。建築師為自由職業之一，其任務為受委託人之委託，辦理建築物及其實質環境之調查、測量、設計、監造、估價、檢查、鑑定等各項業務。建築師受託辦理各項業務，應遵守誠信原則，不得有不正當行為及違反或廢弛其業務上應盡之義務。
1995 年福建省建築師公會正式成立，至今年已滿20 年，公會成立後在兩岸交流上著力極深，並有不錯成效，並協助金門馬祖地區建立都市計劃制度及城市面貌發展。目前會員人數為300 位（至2015 年），會員大會是最高權力機構，每年定期召開一次大會，會員大會下設理監事會，三年一屆，每屆選理事九名，監事三名。理事互選最高票數者擔任理事長，對內綜理一切會務，對外代表本會。理事會下設四個委員會，分別是紀律委員會、鑑定委員會、法益研究委員會及兩岸事務委員會，其中兩岸事務委員會原為兩岸建築交流活動推動小組，於第七屆黃正銅理事長任內改制，成為公會編制的委員會。
